為對抗殘暴罪犯,存在著警察無法應對的治安危機的世界之中,出現了一種彌補警察不足的武裝偵探,在法律限制內解決個人或組織的委託,通稱「武偵」。東京武偵高中是專門培育武偵的特殊學校,學生的義務是必須攜帶槍械與刀劍,在這所學校偵探科二年級的男主角遠山金次,被自己所擁有的某種特殊體質(一種會在某種契機之下使大腦細胞高度活性化,並且附帶某種奇怪的副作用)所深深困擾著,對於這一點他始終希望對其他人保密,只祈求能過平凡的校園生活…
可惜事與願違,二年級的遠山金次在某天上學途中被捲入一起「武偵殺手」的炸彈魔攻擊,在身處絕境時,一位美少女從天而降,從此金次與強襲科的超精英─S級武偵神崎·H·亞莉亞相遇(外表可愛、身材嬌小卻非常有能力,同時也是個狂暴並富有攻擊性的女孩),就這樣,被迫與最強武偵亞莉亞組隊的金次,
開始了面對兇惡罪犯的日常生活,而他冀望的平凡生活也逐漸遠去…